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2020年3月5日，東北師范大學在bioRxiv上上傳了一篇Strong evolutionary convergence of receptor-binding protein spike between COVID-19 and SARS-related coronaviruses的研究，該研究發現SARS-CoV-2和SARS-CoV存在遠緣關系，但兩者都能夠通過同一受體ACE2感染人類宿主，并引起相似的臨床和病理特征，表明S蛋白可能存在趨同進化。然而，其趨同的分子基礎仍不得而知。本研究中使用最近開發的分子植物生態學方法來研究趨同的分子基礎。分析表明，S蛋白在SARS-CoV-2和SARS-CoV相關分支沿線經歷了大量有意義的達爾文選擇。進一步研究顯示，SARS-CoV-2和SARSr-CoV類之間S蛋白的受體結合域（RBD）中趨同進化的氨基酸位點比例異常高，導致RBD序列在系統發生上的聯合。除了S蛋白，作者還發現其伙伴蛋白ORF3a的趨同進化。結果表明，SARS-CoV-2與SARSr-CoV之間具有很強的適應性趨同進化，可能促進它們對類似或相同受體的適應性。最后，作者指出，許多觀察到的蝙蝠SARS-like-CoVs與SARS-CoV-2和SARS-CoV的S蛋白的RBD序列存在趨同進化，可能預先適應人類宿主受體ACE2，因此將是潛在的新的冠狀病毒來源。

項目成果/簡介:云南大學省部共建云南生物資源保護與利用國家重點實驗室張志剛團隊于2020年2月2日開始對之前發表的馬來穿山甲病毒組學數據(該數據由2019年3月24日無法救護成功的穿山甲肺的樣本獲取)（Liu et al. 2019, Viruses 11, 979）進行重新組裝和全面系統地分析，發現這批馬來穿山甲攜帶SARS-CoV-2相近的冠狀病毒（命名為Pangolin-CoV），其與SARS-C

云南大學省部共建云南生物資源保護與利用國家重點實驗室張志剛團隊于2020年2月2日開始對之前發表的馬來穿山甲病毒組學數據(該數據由2019年3月24日無法救護成功的穿山甲肺的樣本獲取)（Liu et al. 2019, Viruses 11, 979）進行重新組裝和全面系統地分析，發現這批馬來穿山甲攜帶SARS-CoV-2相近的冠狀病毒（命名為Pangolin-CoV），其與SARS-CoV-2和BatCoV RaTG13（武漢病毒所石正麗團隊報道）的基因組相似性分別為91.02%和90.55%。Pangolin-CoV與SARS-CoV-2的親緣關系僅次于RaTG13，但是Pangolin-CoV與SARS-CoV-2的S1功能基序高度一致，涉及與人類ACE2受體互作的五個關鍵氨基酸殘基完全一致，而RaTG13發生了四個突變，提示了Pangolin-CoV與SARS-CoV-2具有相似的宿主細胞識別能力。 新冠肺炎疫情(COVID-19)自2019年底爆發以來，迅速在世界范圍擴散流行，新冠肺炎疫情是由嚴重急性呼吸系統綜合癥冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）引起的，控制COVID-19全球大流行，病毒溯源及其傳播途徑研究是當前的關鍵任務之一。 該研究首次全面澄清了SARS-CoV-2與穿山甲冠狀病毒（Pangolin-CoV）、蝙蝠冠狀病毒（RaTG13）、2003年非典型肺炎冠狀病毒（SARS -CoV）以及2015年中東呼吸綜合征冠狀病毒（MERS-CoV）的關系，認為除了蝙蝠和穿山甲之外，SARS-CoV-2還存在其它未知中間宿主，為進一步攻克病毒源頭和傳播路徑提供了寶貴的參考。同時，該研究也呼吁保護加強野生動物保護和管理，保護野生動物，就是保護人類自己。