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針對我國蛋白飼料和多糖產品的巨大市場空間，團隊借助專有的合成生物學技術平臺自主研發了甲烷氣體高值化生物轉化技術，擁有我國行業內首個專利授權。利用該技術可以實現將頁巖氣、沼氣等甲烷氣體通過微生物高效轉化為細胞蛋白和多糖。 所產甲烷基細胞蛋白富含包括全部必需氨基酸的 18 種氨基酸，菌體粗蛋白含量大于 60%，其中 9 種必需氨基酸在總氨基酸中占比達 30%，其在總氨基酸含量、限制性氨基酸含量等參數水平上明顯優于豆粕蛋白，并與魚粉蛋白相似。 所產多糖經權威機構鑒定，其結構與保濕霜類護膚品添加劑海藻多糖結構相似度達97%，具有保濕、修復等功能，目前主要應用于醫美產品添加劑與化妝品添加劑。 本項目具有生產成本低、制備工藝簡潔高效和制備過程環保無污染的優勢。通過前期建立甲烷生物制造的全鏈條研發平臺，該技術已完成從實驗室向產業化的推進。

        對于難降解工業廢水的處理，單獨催化臭氧氧化技術存在臭氧劑量大、氣體回收難、出水毒性高等問題，而單獨生物降解處理難降解有機廢水周期長、設備成本高。催化臭氧氧化與微生物降解近場耦合工藝則將按序進行的催化氧化裝置和生物掛膜裝置兩個處理單元合并，利用催化臭氧技術提高難降解有機廢水的可生化性，同時采用生物膜技術減少后續處理成本，能夠實現低成本提高COD、色度和濁度去除率的效果，同時降低出水毒性，減少環境生物風險。

2025年2月10日，復旦大學基礎醫學院代謝分子醫學教育部重點實驗室潘東寧團隊在《自然-通訊》（Nature Communications）期刊發表了題為“Non-catalytic mechanisms of KMT5C regulating hepatic gluconeogenesis”的研究論文。該研究揭示組蛋白甲基轉移酶KMT5C通過非催化機制調控肝糖異生的全新作用模式。