Mpa六聚體除了與真核生物蛋白酶體調節顆粒Rpt1-Rpt6蛋白六聚體以及古細菌PAN蛋白六聚體具有一定的結構同源性之外，還具有一些明顯不同的結構特征：（1）結核桿菌Mpa具有形成雙環的兩個串聯寡核苷酸/寡糖結合（OB）結構域，而古細菌蛋白酶體相關ATPase調控顆粒（PAN）和真核生物蛋白酶體ATPase調控顆粒復合體（Rpt1-6）每個蛋白亞基都只具有單個OB結構域；（2）Mpa在具有蛋白酶體活化功能的C末端之前具有一個泛素樣的β-grasp結構域，而古細菌PAN和真核生物Rpt1-6蛋白復合體并不具有這樣的一個β-grasp結構域

? 由于β-grasp結構域的存在，Mpa六聚體中各個蛋白亞基C末端被埋在結構核心中而沒有暴露在蛋白復合體結構的表面，這就影響了C末端的GQYL基序與20S 蛋白酶體復合體的對接，從而阻礙了六聚化的Mpa與七次對稱的28聚體的蛋白酶體相互作用。我們通過功能研究進一步解釋了為什么單獨的Mpa六聚體在體外情況下不能有效結合蛋白酶體核心顆粒并啟動蛋白質特異性降解，結合晶體結構域功能研究，我們提出了結核桿菌蛋白酶體ATPase調控顆粒Mpa與20S蛋白酶體復合體這一分子量超過1100KDa蛋白質機器的作用模型